معاونت آموزشی دانشکده محیط زیست هدف اصلی خود را ارتقای کیفی و کمی آموزش دانشکده برای پاسخ به نیازهای محیط زیستی کشور قرار داده‌است. برای این منظور اجرای درست قوانین و ضوابط آموزشی در دو بخش دانشجویی و اعضای هیات علمی مسلم و ضروری به نظر می رسد. به همین منظور شورای آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشکده جهت بررسی مسائل آموزشی دانشجویان و اعضای هیات علمی به صورت منظم برگزار می گردد. همچنین معاونت آموزشی دانشکده با پیگیری بازنگری رشته‌ها و گرایش‌ها در گروه‌ها سعی دارد مطالب آموزشی و درسی دانشجویان را به روز و کارآمدتر نماید. همچنین در راستای ارتقاء کیفیت آموزش، نظارت و ارزیابی فعالیت گروه‌های آموزشی دانشکده در موارد مختلف از اولویت‌های اصلی معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشکده می‌باشد.