معاونت پژوهشی دانشکده محیط زیست دانشگاه تهران، در جهت حمایت از پژوهشگران و ارتقاء سطح پژوهشی در حوزه های محیط زیست، فعالیتهای متنوعی را عهده دار می باشد. معاونت پژوهشی از طریق پیشنهاد، تصویب و نظارت بر روند اجرای طرحهای تحقیقاتی و پژوهشی اعضای هیأت علمی و دانشجویان دانشکده و حمایت مالی از آنها، سعی در تسهیل روند پژوهشی در دانشکده را دارد. این بخش با رویکرد پژوهش محوری در دانشکده و در چارچوب سیاست گذاریهای ملی پژوهشی و با استمداد از مؤسسات پژوهشی موجود و برای غنای هرچه بیشتر پژوهش در حوزه های محیط زیست، گامهای مهمی برداشته است .فعالیتهای پژوهشی معاونت با همکاری اساتید، دانشجویان و اعضای هیئت علمی پژوهشی صورت می گیرد. شورای پژوهشی دانشکده مرکب از ریاست دانشکده و معاون پژوهشی، معاون آموزش و تحصیلات تکمیلی، مدیران گروهها، می باشد. در جهت سیاستگزاریهای کلان پژوهشی مصوبات مهمی را اتخاذ می نماید. همچنین معاونت پژوهشی با برگزاری سخنرانیهای علمی، همایشها، سمینارهای علمی، کارگاههای پژوهشی و بررسی و رسیدگی به درخواستهای فرصت مطالعاتی و شرکت در همایشهای بین المللی اعضای هیأت علمی و دانشجویان، سعی در توسعه ارتقاء هرچه بیشتر امور پژوهشی دانشکده را دارد. در این راستا ایده های علمی جدید و خلاقیتها شکل گرفته و دانشکده در حل مشکلات کشور از طریق ارتباط پژوهشی بین دانشگاه و نهادهای مختلف اقدام می کند.